Già dopo il 1000, i piccoli centri delle Domuscultae sparsi nella campagna romana cominciarono a scomparire poiché la Chiesa, dilaniata da lotte interne, era sempre meno interessata a esercitare il proprio potere nel suburbio, cedendo le proprietà alle grandi famiglie baronali e comitali romane in cerca prestigio e desiderose di vivere nei pressi degli importanti monumenti della via Appia.
Strutturata più per la difesa che per il lavoro agricolo, la Via Appia cominciò a presentare tutti gli elementi e le caratteristiche di una strada tipicamente medievale, scandita da borghi turriti e chiusi da mura. Molte delle grandi famiglie di Roma e della campagna sfruttarono l’Appia e costruirono diverticoli privati e protetti, che permettevano loro di giungere dalla città alle rispettive proprietà con la maggiore sicurezza possibile. I resti delle tombe che continuavano a costeggiare la strada venivano riutilizzati come torrette, posti di guardia armati da cui controllare il territorio circostante.
Lungo il tracciato e sparsi nella campagna restano ancora numerose, suggestive rovine di questa fase di vita dell’Appia. La Valle della Caffarella è costellata di torrette, chiese e mulini appartenenti ai vasti villaggi fortificati del Medioevo chiamati castra. Il famoso Mausoleo di Cecilia Metella si staglia con le sopraelevazioni del XIV secolo che ne fecero un torrione di difesa per il castrum che la famiglia Caetani vi costruì intorno, con mura, case, chiesa e palazzo signorile. Il ninfeo della Villa dei Quintili, monumentale mostra d’acqua di epoca imperiale, si presenta ancora come quando, nel XIII-XV secolo, venne riutilizzato per costruire una torre d’avvistamento affiancata da un alto cammino di ronda protetto da merlature.