Il museo all’aperto dell’Appia realizzato da Luigi Canina sotto il Governo Pontificio nella metà dell’Ottocento, si mantenne in buone condizioni solo per un breve periodo. Già durante l’ultimo ventennio del XIX secolo, infatti, la Via Appia Antica non riceveva più le stesse cure e non venivano più riscossi i tributi, mentre si continuavano a costruire numerosi passaggi senza che questi fossero stati concessi. Nacque così il lungo contenzioso tra il Ministero della Pubblica Istruzione e i proprietari dei terreni limitrofi, a cui era stato interdetto il traffico lungo la strada. Il 16 ottobre 1882, Rodolfo Lanciani, allora ingegnere dell’Ufficio tecnico degli Scavi d’Antichità di Roma, riassumeva in questi termini la situazione: “Negli ultimi anni le domande di transito si sono centuplicate. In generale, quando l’Ufficio ha creduto di negarle, i frontisti se le sono accordate di proprio arbitrio. Per persuadersi quanto sia urgente di regolare la questione, basta percorrere l’Appia, e vedere a quale stato di rovina è ridotta. Le macerie di chiusura sono crollate per una lunghezza di oltre 1000 metri: i cancelli di legno sono stati rovinati e spezzati dall’urto dei carri: la strada è impraticabile nello strettissimo senso della parola, dalla traversa di Fiorano in su: e sta per divenirlo anche nel primo tronco”.
Da allora, il primo tentativo di tutela dell’area si ebbe solo nel 1931, con un Piano Regolatore che individuava concettualmente il Parco Archeologico dell’Appia Antica. Le prescrizioni riguardavano una zona di rispetto dove era di massima vietata qualsiasi costruzione, ma i successivi Piani Particolareggiati disattesero tali indicazioni e autorizzarono l’edificazione. Pur auspicando la creazione di un grande parco archeologico tra l’Ardeatina e l’Appia Nuova, la normativa era troppo permissiva, e iniziò un nuovo periodo di costruzioni incontrollate di ville private ornate dalla vista o dalla presenza stessa dei monumenti antichi.
Il degrado della Via Appia subì un ulteriore peggioramento nel corso della seconda guerra mondiale, quando la strada fu utilizzata per il transito delle truppe alleate, e la vicinanza dell’aeroporto di Ciampino costò alla zona numerose ferite inferte dai bombardamenti. Nel corso della guerra la manutenzione dell’area venne completamente abbandonata, e anche dopo la fine del conflitto non si provvide a restaurare i monumenti danneggiati. Solo all’inizio degli anni Cinquanta si effettuarono piccoli interventi di pulizia e risistemazione della strada, e i monumenti furono chiusi con cancelli per evitare che venissero occupati da senzatetto o fossero trasformati in luoghi di “convegno di coppie”.